Stubberup ligger ca. 5 km nord for Nykøbing, grænsende op til nabobyerne, i nord Bruntofte, i øst Tingsted og Øverup, i syd Kraghave, i vest Klodskov og Byskov. Der er sket store ændringer i Stubberup gennem tiderne. Gårde er flyttet ud på markerne, nogle er nedlagt, jorder er lagt sammen, husmandssteder er oprettet, hvor af nogle igen er nedlagt. Der er kommet bebyggelser langs landevejen og et nyt parcelhuskvarter er skudt op sydvest for den gamle by.
Oprindelig var Stubberup en bondeby med 2 rækker gårde liggende syd ‑ nord på begge sider af bytomten og med gadekæret liggende syd for byen. Stubbæthorp nævnes allerede i Kong Valdemars Jordebog omkring 1250. Sagkyndige mener, at Stubberup by i Vikingetiden har ligget mellem Bruntofte skov og nuværende beliggenhed, da der her er fundet gravlægninger og rester af en boplads fra Bronzealderen. I markbogen 1682 omtales Gammell Bye Schiffte og på gamle matrikelkort: Smaae Gaml Byer. Det omtalte område ligger lidt højere end terrænet uden om. Hvornår byen er flyttet og hvorfor vides ikke. Den gamle by ligger nu som i middelalderen med gårde og huse på begge sider af vejen. År 1250 ejede kongen 1/7, Petær Magnussun 1/27 og Joseeph 1/9 af Stubberups jorder. Ud over kongen, er de to sidstnævnte også kendt som jordejere mange steder på Falster. I 1662 ejede Kronen 8 gårde og et hus i Stubberup, en gård var privatejet og 4 gårde hørte under kirker og stiftelser. I 1688 ejede Kronen 10 gårde og et hus, 3 gårde ejedes af kirker og stiftelser. Da riget fattedes penge, besluttedes det i 1763, at sælge ud af Kronens gods, for at få penge i statskassen. I 1766 solgtes Kronens gods på Falster, ved auktion afholdt på Nykøbing Slot, her solgtes Kronens 12 gårde og 7 huse i Stubberup til godset Vennerslund i Stadager sogn. Bønderne på disse gårde blev nu fæstere under Vennerslund. Desuden var der Mensalgården under Nykøbing præsteembede, der beholdt sit tilhørsforhold. Vennerslund blev kort efter delt i en nordlig og en sydlig del. I den sydlige oprettedes godset Kirstineberg og Stubberup kom ind under dette gods. Der boede på det tidspunkt ca. 100 mennesker i Stubberup.
Byens jorder blev dyrket i fællesskab ( trevangsdrift ) kirkevangen, kildeskovsvangen og slettevangen. Hver vang var inddelt i åse og agre. I hver ås var der lige så mange agre, som der var gårde i byen. I 1816 blev jorden udskiftet, således at hver gård fik sin jord samlet, som man kender det i vore dage. Dog måtte nogle flyttes ud på markerne, for at der kunne blive fornuft i udskiftningen. Der har op gennem tiderne været 13 gårde i Stubberup, nogle må være lagt sammen, for ved udskiftningen i 1816 var der 9 gårde, hvoraf fire blev flyttet ud og en blev flyttet over på den anden side af vejen.